Heinemann hatte nach dem Mauerfall die Leitung ehemaliger DDR-Betriebe übernommen und diese erfolgreich in die Zukunft geführt. So übernahm er 1992 die Gutena Nahrungsmittel GmbH und die Neukircher Zwieback GmbH, später auch die SPREEwaffel Berlin-Pankow GmbH. Alle drei Betriebe sind erfolgreiche Tochterunternehmen der WHG.
Der bescheidene Geschäftsmann genießt in der Süßwarenbranche höchste Anerkennung und wird auch von seinen Mitarbeitern sehr geschätzt. Sie nennen ihn liebevoll „den Doktor“. Für seine herausragenden Verdienste um die Süßwarenwirtschaft wurde Dr. Michael Heinemann im Jahr 2023 mit der Goldenen Uhr des SG ausgezeichnet.