Der Diplom-Volkswirt war von 1988 bis 2001 bei Kühne + Nagel Deutschland tätig, zuletzt als Vorsitzender der Geschäftsleitung, ehe er im September 2001 Wolfgang Zinn an der Spitze der Lekkerland-Tobaccoland GmbH & Co. KG in Frechen ablöste. In der Folgezeit formte Berner aus zwei unterschiedlichen Unternehmenskulturen eine effiziente Organisation, die er zum führenden Spezialisten für Convenience in Europa mit einem Umsatzvolumen von über 12 Mrd. Euro und 7.000 Mitarbeitern weiterentwickelte.
Nach seinem Ausscheiden im Jahr 2012 widmete er sich intensiv seinen Funktionen in zahlreichen Aufsichtsräten und Beiratsgremien, so etwa bei 4flow, Apetito, Foris, Klöpfer & Königer sowie LR Health & Beauty Systems. Von 2006 bis 2018 war Christian Berner zudem ehrenamtliches Vorstandsmitglied der BVL, davon fünf Jahre als Mitglied des Präsidiums. Nach Ende seiner aktiven Mandatszeit stand er weiterhin jungen Nachwuchskräften als Mentor zur Seite und setzte sich für das BVL-Mentoring-Programm ein.