Nießner war seit 2013 Vorsitzender des BDSI und seit 2011 Präsidiumsmitglied des BDSI und Vorsitzender der Fachsparte Schokoladenwaren im BDSI. Zudem engagierte er sich im BDSI seit 2001 als Mitglied und von 2003 bis 2013 als Stellvertretender Vorsitzender im Ausschuss für Lebensmittelrecht und Lebensmittelkunde und war von 1998 bis 2015 Mitglied im Vorstand der Fachsparte Feine Backwaren.
„Stephan Nießner hat immens zu dem hohen Ansehen und der Glaubwürdigkeit des BDSI und der Süßwarenbranche beigetragen. Er genießt in Wirtschaftskreisen wie auch bei politischen Gesprächspartnern und Medienvertretern höchstes Ansehen. Fachlich kompetent und menschlich integer hat er immer fair und mit großem Sachverstand die Anliegen der deutschen Süßwarenindustrie vertreten. Der BDSI dankt Stephan Nießner für sein herausragendes Engagement“, so Klaus Reingen, Hauptgeschäftsführer des BDSI. Nießner wurde von der Mitgliederhauptversammlung einstimmig zum Ehrenvorsitzenden des BDSI und des BDSI-Präsidiums gewählt.
Als Stellvertretende Vorsitzende des BDSI wurden von der Mitgliederhauptversammlung Martin Ruehs (Eisbär Eis Gebr. Klehn GmbH, Apensen) und Roland Stroese (Intersnack Knabber-Gebäck GmbH & Co. KG, Köln) in ihren Ämtern bestätigt. Neu als Stellvertretende Vorsitzende des BDSI wurden Aldo Cristiano (Ferrero Deutschland GmbH, Frankfurt am Main), Andreas Patz (Haribo GmbH & Co. KG, Grafschaft) und Michael Overhoff (Continental Bakeries Deutschland GmbH, Gronau) gewählt.